Das MCID besteht aus sieben Cluster, die Spitzenkompetenz in den jeweiligen Fachgebieten bündeln und so innovative, multidisziplinäre und interdisziplinäre Forschungsvorhaben fördern. Im Zentrum des MCID und im Dienste der Cluster stehen die drei grundlegenden Kernaktivitäten des Zentrums.
Das MCID unterstützt aktiv die Forschung in einem breiten Spektrum von Themen im Zusammenhang mit Infektionskrankheiten. Im Rahmen von drei Ausschreibungen zu Projektförderung wurden insgesamt 31 Projekte mit Fördermittel ausgestattet.